参照関係項目をフィルタ条件に指定することはできますか？

はい、可能です。

RaySheetフィルターでは、参照関係項目をフィルタ条件に指定することができます。
なお、Salesforce標準準拠のフィルタ条件では、参照関係項目を指定することができないので注意してください。

RaySheetオンラインヘルプ - フィルターを設定する

※RaySheetフィルターを設定するには、「高度なデザイン - 検索条件（RaySheetフィルター）を表示する」にチェックする必要があります。